История города неразрывно связана с эпохой испанской колонизации Калифорнии и развитием системы миссий, которые стали фундаментом для многих современных поселений региона.
Основание и первые упоминания. Официальной датой рождения поселения считается 1 ноября 1776 года. Именно тогда испанский священник-францисканец Хуниперо Серра основал Миссию Сан-Хуан-Капистрано, названную в честь святого Иоанна Капистранского. Хотя первая попытка основания была предпринята годом ранее, именно в 1776 году колокол был выкопан и повешен на дерево, ознаменовав начало постоянного присутствия европейцев.
Ключевые факторы становления. Развитию поселения способствовало уникальное сочетание географических и стратегических преимуществ. Долина обладала плодородными почвами и доступом к пресной воде, что было критически важно в засушливом климате. Поселение удачно расположилось на знаменитой «Королевской дороге» (El Camino Real), связывающей цепь испанских миссий между Сан-Диего и Лос-Анджелесом, и служило важным центром религиозной и административной власти в этом районе.
Ранние культурные и экономические особенности. Экономика раннего Сан-Хуана строилась на сельском хозяйстве и взаимодействии культур. Местное коренное население, индейцы ачачемен, сыграло ключевую роль в строительстве и поддержании хозяйства. Основными занятиями были выращивание зерновых культур и разведение крупного рогатого скота, а также производство кожи и вина. Символом амбиций того времени стало строительство Великой каменной церкви, которая, к сожалению, была разрушена землетрясением 1812 года.