История Макаллена началась в 1904 году, когда Джон Мак-Аллен, шотландский поселенец и владелец ранчо, вместе с другими партнерами основал поселение на месте своих земель. Изначально оно было известно как Западный Мак-Аллен. В 1907 году рядом возник конкурирующий городок Восточный Мак-Аллен, однако вскоре, в 1910 году, оба поселения объединились. Официально город Макаллен был зарегистрирован 21 февраля 1911 года.
Ключевую роль в развитии города сыграло прибытие железной дороги St. Louis, Brownsville & Mexico Railway в 1905 году. Это событие обеспечило важнейшие транспортные связи и стимулировало коммерческую деятельность, превратив Макаллен в важный логистический узел. Географическая близость к границе с Мексикой (около 8 миль или 13 км) также стала мощным фактором роста, способствуя развитию торговли между двумя странами. Город быстро превратился в важный пункт для импорта и экспорта товаров.
С самого начала экономика Макаллена была тесно связана с сельским хозяйством. Благодаря развитию ирригационных систем в долине Рио-Гранде, регион стал центром выращивания цитрусовых, овощей и хлопка. Уже в 1915 году из Макаллена по железной дороге была отправлена первая партия грейпфрутов. В первой половине XX века население города значительно выросло, в том числе за счёт большого числа переселенцев мексиканского происхождения. Это заложило основу для формирования богатого культурного наследия города, сочетающего американские и мексиканские традиции.