История Мадисона началась в 1836 году, когда бывший федеральный судья и земельный спекулянт Джеймс Дуэйн Доти приобрёл участок земли на живописном перешейке между озёрами Мендота и Монона. Город был задуман «на бумаге» и назван в честь Джеймса Мэдисона, четвёртого президента США, который скончался в том же году. Несмотря на то, что поселение ещё фактически не существовало, благодаря активному лоббированию Доти и стратегически выгодному расположению, Мадисон был выбран столицей новообразованной Территории Висконсин 28 ноября 1836 года. Строительство первого Капитолия началось в 1837 году.
Рост и развитие Мадисона были обусловлены несколькими решающими факторами. Ключевую роль сыграл его политический статус: с самого начала Мадисон развивался как административный центр, а получение статуса столицы штата Висконсин в 1848 году окончательно закрепило его значение. Не менее важным было и уникальное географическое положение на узком перешейке между крупными озёрами, что было стратегически выгодно в XIX веке. Поворотным моментом в истории города стало основание Университета Висконсина в 1848 году, который быстро превратил Мадисон в крупный культурный, научный и экономический центр региона. Наконец, прокладка в 1854 году железной дороги, соединившей Мадисон с Милуоки, значительно ускорила урбанизацию и торговлю, превратив небольшой посёлок в полноценный город.
В первые десятилетия своего существования экономика Мадисона была тесно связана со строительством и обслуживанием правительства. С открытием университета город начал приобретать репутацию интеллектуального и культурного центра. Параллельно развивалась промышленность, ориентированная на переработку сельскохозяйственной продукции из плодородных земель окружающего округа Дейн. К 1856 году, когда Мадисон получил статус города, его население превысило 6 800 человек, что свидетельствует о его быстром превращении из административного проекта в оживлённый городской центр.