История местности, где сегодня расположен Алпайн, началась задолго до прибытия европейцев: эти земли издревле населяли индейцы кумеяй. Изначально регион был известен как «Валле-де-лас-Вьехас» (Долина старух). Современное поселение начало формироваться во второй половине XIX века. Название «Алпайн» закрепилось в 1880-х годах, когда одна из местных жительниц предложила его из-за сходства горного ландшафта и климата со швейцарскими Альпами.
Развитие города определялось несколькими важными обстоятельствами:
- Географическое положение: Расположение в предгорьях горного хребта Кайамака сделало поселение естественным промежуточным пунктом между побережьем Сан-Диего и пустынными районами на востоке.
- Транспортная доступность: Через Алпайн проходили важные маршруты дилижансов, перевозивших почту и пассажиров, что стимулировало торговлю и приток населения.
- Климатические условия: Мягкий и здоровый климат привлекал людей, искавших исцеления от респираторных заболеваний, что способствовало росту общины.
Экономика раннего Алпайна базировалась преимущественно на сельском хозяйстве. Особую известность региону принесло пчеловодство — местный мед славился своим качеством, также здесь активно развивались садоводство и выращивание зерновых. Важным культурным этапом стало строительство ратуши (Town Hall) в 1899 году. Это здание стало центром общественной жизни, объединяя жителей для собраний, праздников и решения социальных вопросов, и до сих пор остается символом исторического наследия города.