Город Байдоа, известный также как "небесный Байдоа" (Baydhabo Janaay), имеет богатую историю, уходящую корнями в средневековье. Его развитие тесно связано с географическим положением в плодородном междуречье Сомали и контролем над важными торговыми путями.
Первые поселения на территории современного Байдоа появились в средневековье. Считается, что город был основан и заселен кланом Маданле, который славился умением рыть колодцы. Археологические находки, включая доисторические наскальные рисунки в окрестностях, свидетельствуют о древней истории этого региона. Уже в те времена Байдоа, благодаря своему расположению у источников воды, стал важным центром для скотоводов и земледельцев.
Развитие города определялось несколькими ключевыми факторами. Во-первых, его выгодное географическое положение в агро-пастбищной зоне способствовало процветанию сельского хозяйства, в частности выращиванию сорго, и скотоводства. Наличие источников пресной воды сделало его центром притяжения в засушливом регионе. Во-вторых, в ранний современный период, особенно во времена правления Султаната Геледи, Байдоа превратился в крупный узел караванной торговли на перекрестке путей, связывавших внутренние районы с побережьем. Наконец, на протяжении веков город входил в состав различных влиятельных государственных образований, таких как Султанат Аджуран, а затем Султанат Геледи, что обеспечивало ему защиту и способствовало процветанию.
Изначально Байдоа был известен как укрепленный город, окруженный стенами с воротами, что свидетельствует о его богатстве и необходимости защиты. Приток торговцев с побережья Бенадир привел к формированию отдельного квартала, известного как "Буула Бенадир". Ислам, пришедший в регион еще в VII веке, оказал глубокое влияние на культуру и самобытность города. Более четырех столетий здесь почитается суфийский святой Обо Эшероу, чья усыпальница является важным духовным центром.