История Чиклайо отличается от многих других городов Перу, поскольку он не был основан испанскими конкистадорами по строгому колониальному плану. Первые упоминания о поселении на этом месте относятся к XVI веку, когда здесь существовала небольшая община коренных жителей под названием Санта-Мария-де-лос-Вальес-де-Чиклайо. Важную роль в раннем развитии сыграли францисканские миссионеры, основавшие в конце XVI века монастырь, который стал центром формирующейся деревни. Несмотря на это, на протяжении столетий Чиклайо оставался в тени более крупных и влиятельных городов региона, таких как Санья и Ламбаеке.
Ключевым фактором становления города стало его стратегическое расположение. Находясь на пересечении торговых путей, связывающих тихоокеанское побережье, горные районы Анд и джунгли Амазонки, Чиклайо естественным образом превратился в важный коммерческий и логистический узел. Его рост значительно ускорился в XIX веке благодаря бурному развитию сельского хозяйства в долине Ламбаеке, в частности, выращиванию сахарного тростника и риса, что сделало город центром региональной торговли. Официальное признание пришло 15 апреля 1835 года, когда президент Фелипе Сантьяго Салаверри присвоил Чиклайо статус города и почётное звание «Города-героя» за храбрость его жителей в войне за независимость.
Ранние культурные и экономические особенности Чиклайо неразрывно связаны с богатым наследием доколумбовых цивилизаций. Регион является колыбелью великих культур Моче и Сикан (Ламбаеке), которые процветали здесь задолго до инков. Эти народы были известны своими сложными ирригационными системами и высоким мастерством в металлургии, что заложило основу для хозяйственного развития этой территории на многие века вперёд. В отличие от городов, построенных как административные или религиозные центры, экономика Чиклайо с самого начала была ориентирована на торговлю и сельское хозяйство.