История города Сан-Карлос неразрывно связана с колониальной эпохой и необходимостью контроля над водными путями. Официальной датой основания принято считать 1666 год, когда на стратегически важном мысе, где озеро Никарагуа переходит в реку Сан-Хуан, был заложен военный пост. Изначально поселение развивалось вокруг крепости, созданной для защиты богатого города Гранада и внутренних территорий от пиратов и иностранных флотилий, проникавших вглубь страны со стороны Карибского моря. Долгое время это место упоминалось в хрониках именно как ключевой оборонительный рубеж, а не как гражданское поселение.
Превращение военного укрепления в полноценный город было обусловлено уникальной географией региона, ведь Сан-Карлос стал естественными воротами между Атлантикой и тихоокеанским регионом страны. Контроль над истоком реки позволял регулировать всё судоходство, а город превратился в обязательную точку остановки на знаменитом «Маршруте Транзита», который использовался для перевозки товаров и пассажиров, особенно во времена Золотой лихорадки. Кроме того, поселение выступало связующим звеном между изолированными пунктами на реке и развитыми городами на побережье озера.
Экономика раннего периода была полностью ориентирована на обслуживание гарнизона и речную торговлю. Местное население занималось рыболовством, сельским хозяйством и обеспечением провизией проходящих судов, а жизнь города зависела от ритма реки. Культурная среда формировалась в условиях постоянного взаимодействия испанских военных, местных жителей и иностранных путешественников. Это придало городу особый колорит портового поселения, где смешивались традиции и новости из самых разных уголков света.