История города Тонала уходит корнями в глубокую доиспанскую эпоху. Его название происходит из языка науатль и переводится как «место, где восходит солнце» или «тёплое место». Поселение было основано как столица могущественного индейского царства Тоналлан, в котором проживали народы текуэсов и коков. Задолго до прибытия европейцев Тонала была процветающим политическим, культурным и торговым центром региона.
Ключевую роль в становлении города сыграло его стратегическое расположение в плодородной долине, что способствовало развитию сельского хозяйства. Царство Тоналлан обладало значительной политической властью и контролировало множество соседних поселений, которые платили ему дань. Однако главной экономической и культурной особенностью Тоналы с древних времён стало гончарное ремесло. Уникальные залежи местной глины позволили жителям развить искусство керамики, которое и по сей день является визитной карточкой города.
В марте 1530 года на эти земли прибыли испанские конкистадоры под предводительством Нуньо де Гусмана. Правившая в то время царица Сиуальпильи Цапоцинко приняла решение о мирной встрече, что, однако, не предотвратило покорения царства и включения его в состав испанских владений в составе вице-королевства Новая Испания. Несмотря на смену власти, Тонала сохранила свой статус важного ремесленного центра Мексики, а слияние индейских традиций с европейскими технологиями лишь обогатило местный стиль керамики.