История города Сьюдад-дель-Кармен тесно связана с его стратегическим островным положением в Мексиканском заливе. Этот город, расположенный на острове Исла-дель-Кармен, прошёл путь от пиратской базы до важного экономического центра современной Мексики.
В колониальную эпоху остров, известный тогда как Исла-де-Терминос, стал убежищем для английских и голландских пиратов. Благодаря удобному расположению, они использовали его для ремонта кораблей и нападений на испанские суда. После многочисленных неудачных попыток испанские колониальные власти окончательно изгнали пиратов 16 июля 1717 года. В честь этой победы, одержанной в день почитания Богоматери Карменской (Virgen del Carmen), остров и основанное на нём военное поселение получили название Кармен. Эта дата считается днём основания города.
Развитие поселения определялось несколькими ключевыми факторами. Его расположение на острове в лагуне Терминос обеспечивало естественную защиту и контроль над морскими путями в регионе. В XVIII и XIX веках основной экономической деятельностью была заготовка и экспорт «сандалового дерева» (palo de tinte) — ценного красителя, что способствовало росту порта. Кроме того, основанный как военный форпост для защиты от пиратов, город долгое время сохранял свою оборонительную функцию.
В 1828 году поселение получило статус вильи (небольшого города), а в 1856 году — статус города (ciudad). Его ранняя экономика была сосредоточена на морских промыслах и торговле древесиной. Архитектурный облик центральной части города, с его колониальными зданиями и главной площадью, начал формироваться в середине XIX века. Культурная жизнь была тесно связана с католическими традициями, что отражено в названии города и главном соборе — Нуэстра-Сеньора-дель-Кармен.