История современного города Матаморос начинается в XVIII веке. В 1774 году группа из тринадцати семей колонистов основала здесь поселение, которое получило название Сан-Хуан-де-лос-Эстерос-Эрмосос. Спустя почти два десятилетия, в 1793 году, в поселении была учреждена францисканская миссия, и оно было переименовано в Вилья-дель-Рефухио. Своё нынешнее название город получил в 1826 году в честь Мариано Матамороса, одного из героев войны за независимость Мексики.
Ключевым фактором развития Матамороса стало его стратегическое географическое положение. Город расположен на правом берегу реки Рио-Гранде, на границе с Соединёнными Штатами и недалеко от побережья Мексиканского залива. Это способствовало его превращению в важный торговый и транспортный узел. Статус портового города и близость к США определили его экономический рост, особенно в периоды, когда требовались альтернативные торговые пути. Например, во время Гражданской войны в США Матаморос стал ключевым центром для экспорта хлопка.
Изначально экономика города была сосредоточена на сельском хозяйстве и животноводстве, но торговля быстро вышла на первый план. Период, известный как «Золотой век хлопка», привлёк в Матаморос торговцев со всего мира, что способствовало формированию космополитичной атмосферы. Это историческое наследие, смешение культур и приграничное положение до сих пор определяют уникальный характер города, делая его интересным направлением для путешественников, желающих познакомиться с историей и культурой северной Мексики.