История города Коацакоалькос уходит корнями в глубокую древность, задолго до прибытия европейцев. Этот регион на юге Мексики считается одной из колыбелей цивилизации ольмеков, процветавшей здесь примерно с 1500 по 400 год до н.э.. Само название «Коацакоалькос» происходит из языка науатль и переводится как «место, где прячется змей». Согласно легенде, именно здесь великий бог Кетцалькоатль уплыл на плоте из змей, пообещав однажды вернуться.
Ключевым фактором в становлении и развитии поселения всегда было его стратегическое географическое положение. Расположенный в устье полноводной реки Коацакоалькос, впадающей в Мексиканский залив, город исторически был важным транспортным и торговым узлом. Река служила удобным путём для торговли между прибрежными и внутренними районами перешейка Теуантепек. Эта особенность не осталась незамеченной и после испанского завоевания.
Современная история города начинается в 1522 году, когда по приказу Эрнана Кортеса его сподвижник Гонсало де Сандоваль основал здесь одно из первых испанских поселений на побережье — Вилья-дель-Эспириту-Санто. На протяжении веков порт играл важную роль в региональной торговле. В 1900 году он был переименован в Пуэрто-Мехико, а в 1936 году ему вернули его историческое название Коацакоалькос. Ранняя экономика была сосредоточена на торговле, но с XX века ключевой отраслью стала нефтехимическая промышленность, что определило современный индустриальный облик города.