История Ирапуато уходит корнями в доиспанскую эпоху, однако его официальное основание связано с приходом испанцев. Город был основан в середине XVI века, около 1547 года, как поселение для евангелизации коренных народов. Его название происходит из языка народа пурепеча (тараско) и, по разным версиям, может означать «место приземистых домов» или «холм, что возникает на равнине». Первоначально поселение называлось Сан-Маркос-Ирапуато.
Ключевым фактором становления Ирапуато стало его стратегическое расположение в самом сердце плодородного региона Бахио, который часто называют «житницей Мексики». Это географическое преимущество предопределило его роль как важного сельскохозяйственного центра. Кроме того, город находился на пересечении торговых путей, что способствовало его экономическому росту и превращению из небольшой сельской общины в значимый населенный пункт. Статус города Ирапуато получил в 1893 году.
С ранних лет экономика Ирапуато была тесно связана с сельским хозяйством. Изначально здесь выращивали зерновые культуры для снабжения близлежащих центров горнодобывающей промышленности, таких как Гуанахуато. Позже город приобрёл всемирную известность как «мировая столица клубники» благодаря исключительному качеству этой ягоды, выращиваемой на его землях. Помимо сельского хозяйства, в городе развивались ремёсла, включая дубление кож, и со временем появились предприятия пищевой и текстильной промышленности.