Город, известный сегодня как Мбандака, имеет богатую историю, тесно связанную с исследованием бассейна реки Конго. Его основание в 1883 году принадлежит знаменитому исследователю сэру Генри Мортону Стэнли. Изначально поселение получило название Экуатервиль (Équateurville), что неудивительно, ведь оно располагалось всего в нескольких километрах от экватора.
Спустя всего три года, в 1886-м, бельгийские колониальные власти переименовали город в Кокийявиль (Coquilhatville). Это имя он носил на протяжении десятилетий, вплоть до 1966 года. После обретения страной независимости правительство присвоило городу его нынешнее, африканское имя — Мбандака. На протяжении своей истории город играл важную административную роль, став центром Экваториальной провинции.
Своим развитием Мбандака во многом обязан стратегическому географическому положению. Расположенный на восточном берегу могучей реки Конго, в месте впадения в нее притока Руки, он естественным образом превратился в важный речной порт. Этот водный узел обеспечивал связь со столицей Киншасой и другими регионами страны. Изначально даже существовали амбициозные планы сделать его столицей Свободного государства Конго, но они так и не были реализованы. Тем не менее, в колониальный период, особенно в 1930-х годах, бельгийская администрация активно развивала городскую экономику, строя фабрики и объекты инфраструктуры.
В ранний период своего существования город стал центром европейского влияния в регионе. Здесь возводились административные здания, среди которых выделялась ратуша — на момент постройки она считалась самым высоким зданием во всем Бельгийском Конго. Экономика была сосредоточена на речной торговле и управлении природными ресурсами обширного экваториального региона. Культурная жизнь Мбандаки формировалась под влиянием как европейских традиций, так и обычаев местных народов, в первую очередь народа монго, что создало уникальное культурное наследие.