История Йопаля относительно молода по сравнению со многими другими городами Колумбии. Первые постоянные поселения на этой территории возникли лишь в начале XX века. Официальной точкой отсчета часто считают 1915 год, когда поселенец Элиас Гранадос построил здесь первый дом, ставший ядром будущего города. Название города имеет глубокие местные корни и происходит от слова "йопо" — названия дерева (Anadenanthera peregrina), которое в изобилии произрастало в этой местности. Изначально место называли "Эль-Йопаль", что буквально означает "роща деревьев йопо".
Превращение скромного поселения в важный региональный центр было обусловлено удачным географическим положением на границе предгорий Анд и обширных равнин (Льянос). Важной вехой стал 1942 год, когда поселение получило официальный статус полицейской инспекции. Однако решающий момент в развитии наступил в 1973 году, когда Йопаль был выбран административным центром (столицей) интендантства Касанаре. Это событие привлекло инвестиции, новых жителей и закрепило за городом статус главного узла региона.
В первые десятилетия своего существования экономика Йопаля полностью зависела от сельского хозяйства и животноводства. Город формировался как центр культуры льянеро — колумбийских скотоводов и всадников. Жизнь раннего Йопаля вращалась вокруг перегона стад, торговли скотом и традиционных ярмарок. Эти занятия заложили основу уникальной местной идентичности, которая до сих пор ярко проявляется в музыке, гастрономии и фольклоре региона.