История Юнъаня как административной единицы начинается в 1452 году, в эпоху правления династии Мин. Уезд был создан на стыке существовавших на тот момент уездов Шасянь и Юси. Название «Юнъань» (永安), которое можно перевести как «Вечный мир», вероятно, отражало надежды на установление порядка и стабильности на этих землях.
Географическое положение сыграло ключевую роль в становлении города. Юнъань расположен на берегах реки Ша, притока крупной водной артерии Миньцзян. Это сделало его естественным транспортным и торговым центром на пути через центральную часть провинции Фуцзянь. Благодаря этому город стал важным пунктом для сбора и отправки различных товаров, в первую очередь продовольствия и обильных лесных ресурсов, таких как древесина.
Особую роль в истории Юнъаня сыграл XX век. Во время Второй японо-китайской войны, после захвата прибрежных территорий, правительство провинции Фуцзянь было эвакуировано вглубь региона. В результате Юнъань стал временной столицей с 1938 по 1945 год, что значительно повысило его статус.
Экономическое развитие Юнъаня с самого начала было тесно связано с богатыми природными ресурсами, особенно с лесом, так как лесной покров в этом районе является одним из самых густых на юго-востоке Китая. Статус торгового перекрестка, обусловленный расположением на реке, был основой его ранней экономики. Дальнейшее процветание и промышленный рост города были во многом связаны с постройкой железной дороги в 1956 году, которая укрепила его значение как важного транспортного узла.