Город, известный сегодня как Гкеберха, был основан в 1820 году британскими поселенцами. Исполняющий обязанности губернатора Капской колонии, сэр Руфан Донкин, назвал поселение в честь своей покойной жены Элизабет. Таким образом, на картах появилось название Порт-Элизабет. Однако в 2021 году городу было возвращено его исконное имя Гкеберха — это название реки Бакенс на языке коса, коренного народа этого региона. Первым же европейским сооружением на этом месте был Форт Фредерик, построенный британцами в 1799 году.
Ключевым фактором становления Гкеберха стало его стратегическое расположение на берегу залива Алгоа в Индийском океане. Это сделало его важным морским портом, который быстро превратился в оживленный торговый узел. Основанный для усиления британского присутствия на границе Капской колонии, город служил и военным, и экономическим форпостом. Бурное развитие началось после строительства железной дороги до Кимберли в 1873 году, что еще больше укрепило его торговые позиции.
С самого начала экономика города была тесно связана с морской торговлей. Гкеберха стал центром экспорта шерсти, что способствовало его процветанию в XIX веке. Позже, в XX веке, город приобрел славу автомобильной столицы ЮАР, где разместились заводы ведущих мировых производителей. Культурное наследие города отражает его многослойную историю: от британской колониальной архитектуры до влияния различных общин, которые здесь проживали. Город также известен своими прозвищами — «Дружелюбный город» и «Город ветров».