История Санта-Эулалия-дес-Риу уходит корнями в глубокую древность, однако как сформированное поселение город начал развиваться после каталонского завоевания Ибицы в 1235 году. В исламский период эта территория была известна как район Шарк (Xarc), богатый плодородными землями. Фактическим ядром будущего города стал укрепленный религиозный комплекс на холме Пуч-де-Мисса (Puig de Missa). Первая церковь здесь была заложена сразу после Реконкисты, но современный облик храма-крепости сложился в XVI веке, когда возникла острая необходимость защиты населения от частых набегов пиратов.
Развитие города определило уникальное сочетание географических и стратегических преимуществ. География и водные ресурсы сыграли ключевую роль: город возник у устья единственной реки на Балеарских островах. Постоянный доступ к пресной воде стал решающим фактором для жизни и земледелия в засушливом климате архипелага. Кроме того, возвышенность Пуч-де-Мисса позволяла контролировать окрестности и служила надежным убежищем для жителей долины во время вражеских атак, что способствовало концентрации населения вокруг холма.
Экономика ранней Санта-Эулалии строилась вокруг сельского хозяйства и переработки зерна. Благодаря энергии речного потока здесь была построена система водяных мельниц, что сделало город главным мукомольным центром Ибицы. Близость к морю и наличие реки также создали условия для развития локальной торговли. Культурная жизнь была тесно связана с церковным приходом, который выполнял не только духовные, но и административные функции, объединяя разрозненные фермерские хозяйства в единую общину.