История Малкаджгири уходит корнями в глубокое прошлое. Изначально эта местность была известна под названием Малликарджуна Гири, что связано с древним храмом Малликарджуны Свами, расположенным на местном холме. Со временем это название трансформировалось в современное — Малкаджгири. Хотя точная дата основания поселения неизвестна, регион на протяжении веков находился под властью различных южноиндийских династий, таких как Сатаваханы, Чалукьи, Какатии и Кутб-шахи, что оставило след в его культурном наследии. В районе Старого Малкаджгири до сих пор можно найти руины древнего форта, свидетельствующие о его ранней истории.
Основным фактором развития Малкаджгири стала его географическая близость к Хайдарабаду. Постепенно из небольшой деревни (грам панчаят) он превратился в крупный и густонаселённый пригород. Этот рост был официально закреплён административными изменениями: в 1965 году Малкаджгири получил статус муниципалитета, в 1985 году — муниципальной корпорации, а в 2007 году был окончательно включён в состав Большой муниципальной корпорации Хайдарабада (GHMC). Важную роль в его становлении как торгового и транспортного узла сыграло строительство железнодорожной станции ещё в эпоху правления Низамов.
В культурном плане Малкаджгири с самого начала был важным религиозным центром, о чём свидетельствует наличие древних храмов. Помимо храма, давшего название городу, здесь находится храм Шри Лакшми Нарасимха Свами, возраст которого насчитывает более 500 лет. В экономическом отношении, особенно в период правления Низамов, Малкаджгири был известен как торговый центр, специализирующийся на текстиле и изделиях ручной работы. Первоначально основу местной экономики также составляло сельское хозяйство, чему способствовало наличие нескольких озёр и прудов, таких как Сафилгуда и Рамакришнапурам.