Хотя современный статус города Мобара получил лишь в середине XX века (в 1952 году), история поселения на этих землях уходит корнями в глубокую древность. Территория нынешнего города исторически входила в состав старой провинции Кадзуса. Первые значимые упоминания о районе связаны с периодами Хэйан и Камакура, когда здесь начали формироваться устойчивые сельскохозяйственные общины и феодальные владения.
Превращение Мобары из разрозненных деревень в важный региональный центр было обусловлено несколькими ключевыми факторами. В эпоху Эдо (1603–1868) Мобара стала известна как процветающий почтовый и торговый город. Здесь регулярно проводились рынки, известные как «рокусай-ити» (ярмарки, проходящие шесть раз в месяц), что привлекало торговцев и покупателей со всего полуострова Босо. Географическое положение в глубине равнины Кудзюкури обеспечило городу защиту от морских стихий, сохранив при этом доступ к торговым путям.
Не менее важным оказалось религиозное влияние. История города тесно связана с деятельностью знаменитого буддийского монаха Нитирэна. Основанный здесь храм Мобара-дзи стал значимым духовным центром, способствовавшим притоку паломников и культурному развитию поселения. Экономический фундамент ранней Мобары строился на сочетании сельского хозяйства и коммерции, а позже уникальной особенностью региона стало открытие запасов природного газа, что дало мощный толчок промышленному развитию в последующие эпохи.