История Йокосуки неразрывно связана с морем. До середины XIX века на этом месте располагалась тихая рыбацкая деревня. Однако её стратегическое положение на полуострове Миура, у входа в Токийский залив, предопределило её дальнейшую судьбу. Поворотным моментом в истории стало решение сёгуната Токугава в 1865-1866 годах основать здесь современный военно-морской арсенал для строительства кораблей по западному образцу.
Ключевую роль в становлении города сыграло его географическое положение и политическая воля руководства страны, стремившегося к модернизации. Для реализации амбициозного проекта был приглашён французский военно-морской инженер Леонс Верни, под руководством которого началось строительство верфи, сухих доков и сопутствующей инфраструктуры. Этот проект стал одним из первых и важнейших шагов на пути индустриализации Японии. После Реставрации Мэйдзи новое правительство продолжило развитие верфи, и в 1884 году здесь был учреждён первый военно-морской район, ответственный за оборону страны.
С самого начала экономика и культура Йокосуки были ориентированы на море и судостроение. Быстрое развитие верфи и военно-морской базы способствовало стремительному росту населения за счёт притока инженеров, рабочих и торговцев. Ранняя Йокосука стала центром передовых технологий того времени, здесь строились первые в Японии современные военные корабли. Официально статус города Йокосука получила 15 февраля 1907 года, закрепив за собой репутацию одного из важнейших морских и промышленных центров страны.