Происхождение города Малакатансито уходит корнями в эпоху древней цивилизации майя, когда территория современного департамента Уэуэтенанго была частью обширного культурного и политического пространства мезоамериканского региона. Хотя точная дата основания поселения в его нынешнем виде не зафиксирована, историки связывают его становление с периодом испанской колонизации Гватемалы в XVI веке.
Ключевым моментом для этой местности стала военная кампания Гонсало-де-Альварадо. В 1525 году испанские войска осадили близлежащую крепость Сакулеу, столицу народа мам. После многомесячной осады царь Кайбил Балам был вынужден сдаться, что открыло путь для установления испанского владычества и распределения земель между конкистадорами. В 1529 году соседние территории были переданы в управление Гонсало-де-Овалье.
Особенностью Малакатансито является его этнический состав: на протяжении колониального и постколониального периодов город формировался преимущественно как поселение латиноамериканцев (ладино). Это отличает его от многих других общин региона, сохранивших более высокий процент коренного населения майя. Подобная демографическая структура оказала значительное влияние на культурные и экономические традиции города.
Географическое положение в горной местности способствовало тому, что Малакатансито постепенно превращался в важный локальный центр. Официальный статус региона был закреплен 8 мая 1866 года, когда указом президента Винсенте Сандовала был создан департамент Уэуэтенанго. С тех пор Малакатансито развивался как типичный пример гватемальского муниципалитета, сочетающего в себе наследие колониальной эпохи и современные аграрные традиции.