История Сан-Педро-Сула — это яркий пример того, как география и торговля могут определить судьбу города. Основанный испанским конкистадором Педро де Альварадо 27 июня 1536 года, он изначально носил имя Вилья-де-Сан-Педро-де-Пуэрто-Кабальос и располагался ближе к побережью. В первые годы своего существования город даже служил монетным двором Испании, переплавляя добытое в Гондурасе золото.
Ключевым фактором, повлиявшим на раннюю историю города, стало его уязвимое прибрежное положение. Частые и разрушительные набеги пиратов в XVII веке вынудили испанцев перенести поселение вглубь материка, в плодородную долину Сула. Это решение, обеспечив безопасность, одновременно отрезало город от основных торговых путей и привело к длительному периоду упадка. В XVIII веке город получил своё современное название — Сан-Педро-Сула, что переводится как «долина святого Петра».
Возрождение началось лишь в конце XIX — начале XX века. Экономический бум был связан с развитием сельского хозяйства, в частности, с массовым выращиванием бананов, что привлекло в регион иностранные компании. Решающую роль сыграло строительство железной дороги, соединившей Сан-Педро-Сула с портом Пуэрто-Кортес. Это превратило город в важнейший транспортный, промышленный и экспортный узел страны, закрепив за ним статус «промышленной столицы» Гондураса. Официально статус города был присвоен в 1902 году.