Город Комаягуэла является неотъемлемой частью столичного Центрального округа Гондураса, образуя единое целое с городом Тегусигальпа. Эти два города, разделенные рекой Чолутека, часто называют городами-близнецами из-за их тесной исторической и культурной связи. История Комаягуэлы уходит корнями в доколониальные времена, когда на этой территории проживали коренные народы, в частности ленка. Название «Комаягуэла» является уменьшительной формой от «Комаягуа», другого важного колониального центра, что изначально определяло её как меньшее, но связанное с ним поселение.
Официальное становление Комаягуэлы как самостоятельной административной единицы произошло в XIX веке. В 1820 году здесь был учрежден собственный муниципалитет, а позже, в 1849 году, поселение получило статус виллы (Villa de Concepción). Ключевым моментом в истории стало объединение с Тегусигальпой. В 1937-1938 годах оба города были официально объединены в Центральный округ, который и стал столицей страны.
Ключевыми факторами становления и роста Комаягуэлы стали географическое положение и торговля. Расположение на более плоском западном берегу реки Чолутека, в отличие от холмистой Тегусигальпы, создало благоприятные условия для застройки, расширения и организации рынков. С самого начала Комаягуэла развивалась как оживленный коммерческий, ремесленный и жилой район, в некотором роде дополняя более административную и аристократическую Тегусигальпу. Этот город стал экономическим двигателем региона, сосредоточив на своей территории основные рынки и транспортные узлы столицы.