История поселения Септем-ле-Валон уходит корнями в глубокую древность, а первые письменные упоминания о нем относятся еще к I веку нашей эры. В эпоху владычества Рима во Франции это место уже имело важное стратегическое значение, располагаясь всего в 11 километрах к северу от Массилии (современного Марселя). Название города происходит от латинских и окситанских корней: Septèmes lo Valladas дословно переводится как «Семь Долин», что подчеркивает живописный холмистый рельеф местности.
На протяжении столетий развитие Септем-ле-Валона было тесно связано с его географией. Поселение росло на склонах горы Le Petite Étoile, используя долины как естественные пути сообщения. Долгое время оно не обладало административной самостоятельностью, оставаясь частью более крупных феодальных владений. Важным испытанием для местных жителей стала эпидемия чумы 1720 года, которая значительно замедлила рост населения, но не смогла прервать историю этого стойкого края.
Новая глава в летописи города началась после Французской революции. В 1790 году Септем-ле-Валон официально отделился от коммуны Ле-Пен-Мирабо, став полноправной самостоятельной единицей. Позже, в 1919 году, к его названию была добавлена уточняющая приставка «les-Vallons», которая окончательно закрепила за городом образ уютного поселения, укрытого в долинах у подножия гор.