Истоки Эперне восходят к галло-римской эпохе, о чем свидетельствуют многочисленные археологические находки. Однако официальная история города начинается в V веке, когда он упоминается в документах под латинским названием Sparnacum, что переводится как «место, поросшее терновником». В 445 году эти земли были переданы церкви Реймса, что сыграло решающую роль в раннем административном устройстве поселения.
Дальнейшее развитие Эперне как важного центра региона было предопределено его удачным географическим положением на левом берегу реки Марны. Водная артерия обеспечивала не только плодородие почв, но и служила главным транспортным путем для торговли. В XI веке город перешел во владение могущественных графов Шампани, под протекторатом которых он получил укрепления и стал значимым стратегическим пунктом между Парижем и восточными границами, а близость к знаменитым ярмаркам способствовала притоку купцов.
Уже в раннем Средневековье экономика города базировалась на сельском хозяйстве и ремеслах. Благодаря влиянию монастырей на склонах долины Марны начали активно культивировать виноградную лозу, закладывая фундамент для будущей славы мировой столицы шампанского. Помимо виноделия, в раннем Эперне процветали кожевенное дело и производство керамики, товары которых активно сплавлялись по реке в соседние регионы.