История Замбоанга-Сити тесно связана с колониальной эпохой и его стратегическим положением на юге Филиппин. Город был официально основан испанскими колонизаторами 23 июня 1635 года, когда для защиты от пиратов и враждебных сил была заложена крепость. Этот форт, изначально названный Real Fuerza de San José, сегодня известен как Святилище Форт Пилар и является сердцем исторического наследия города.
Становление Замбоанги как важного регионального центра было обусловлено несколькими ключевыми факторами. Во-первых, его стратегическое географическое положение на оконечности полуострова Минданао позволяло контролировать морские торговые пути. Во-вторых, мощное испанское военное присутствие, сосредоточенное в форте, обеспечивало стабильность и защиту, что способствовало росту поселения. Постепенно вокруг крепости вырос процветающий город, который стал главным административным и военным центром Испании на юге страны.
С самого начала Замбоанга развивалась как уникальный культурный и экономический узел. Смешение испанской культуры с местными традициями привело к возникновению языка чавакано — единственного в Азии креольского языка на основе испанского, за что город получил прозвище «Латинский город Азии». Ранняя экономика была сосредоточена на торговле, сельском хозяйстве и обслуживании крупного военного гарнизона, что заложило прочную основу для его будущего процветания.