История Санта-Марии неразрывно связана с колониальным периодом в Филиппинах. Город был официально основан в 1792 году, когда он был выделен в отдельный приход из состава соседнего муниципалитета Мейкауаян. Название поселению было дано в честь Девы Марии, которая считается духовной покровительницей этих земель.
Ключевым фактором становления города стала его география. Расположенная в плодородной долине провинции Булакан, местность обладала богатыми ресурсами для ведения сельского хозяйства. Реки, протекающие через эту территорию, обеспечивали не только орошение земель, но и служили важными транспортными артериями для торговли с окрестными регионами.
Ранние культурные особенности города сформировались под сильным влиянием католических миссионеров. С момента основания Санта-Мария развивалась как религиозный и аграрный центр, где вокруг приходской церкви концентрировалась вся общественная и экономическая жизнь общины, закладывая фундамент для будущего процветания.