История Мариндуке уходит корнями в доколониальную эпоху, когда остров населяли малайские переселенцы, ведущие активную торговлю с китайскими купцами. Официальной точкой отсчета в европейской летописи принято считать 1569 год, когда испанский конкистадор Мартин де Гоити исследовал эти земли. Название территории, по наиболее распространенной версии, произошло от величественной горы Малиндиг (Malindig), служащей главным ориентиром для мореплавателей в этом регионе.
Становление региона во многом определялось его географией: расположение в самом «сердце» Филиппинского архипелага делало остров стратегически важным пунктом на морских путях между Лусоном и Висайскими островами. Путь к административной независимости был долгим — земли переходили от провинции Балаян к Миндоро и Тайябасу (ныне Кесон), пока в 1920 году не был окончательно закреплен статус отдельной провинции. Важным фактором объединения жителей стала и необходимость защиты от морских набегов, что привело к строительству укрепленных церквей и развитию крупных поселений, таких как Боак.
Экономическая жизнь раннего периода строилась преимущественно на сельском хозяйстве и дарах моря. Хотя колонизаторов привлекали легенды о богатых залежах золота и меди, основой благосостояния местных жителей оставались выращивание риса, кокосов и рыболовство. В культурном плане остров быстро стал оплотом католицизма: прибывшие сюда одними из первых миссионеры-иезуиты заложили прочный фундамент религиозных традиций, которые по сей день живут в уникальных фестивалях и сохранившейся старинной архитектуре.