История города Мабалакат тесно переплетена с его географией, коренными народами и колониальным прошлым. Название города происходит из языка капампанган и означает «место, где много деревьев балакат» — вида твёрдой древесины, которая когда-то в изобилии росла в этих краях.
Официальной датой основания поселения считается 1712 год. Изначально эта территория была густым лесом, населённым коренным народом аэта, также известным как негрито. Долгое время Мабалакат был частью соседнего города Бамбан, но постепенно развивался как отдельная община. Важным моментом в ранней истории стало основание католической миссии в 1717 году священником Андресом де Сан Фульхенсио, что положило начало христианизации региона.
Стремительному развитию города способствовало несколько ключевых факторов. Во-первых, его географическое положение на возвышенной равнине защищало жителей от наводнений, характерных для других частей провинции Пампанга. Во-вторых, плодородные чернозёмные почвы привлекли переселенцев с равнин, которые начали активно развивать сельское хозяйство, выращивая сахарный тростник и рис. Наконец, расположение на торговом пути между провинциями Пампанга и Пангасинан сделало его важным экономическим пунктом.
Ранняя экономика Мабалаката была преимущественно аграрной, но вырубка ценных деревьев балакат, древесина которых использовалась для строительства домов и корабельных мачт, также играла значительную роль. В культурном плане город формировался под смешанным влиянием традиций коренного народа аэта, культуры равнинных капампанганов и испанских колонизаторов. Это богатое наследие до сих пор находит отражение в местных фестивалях, таких как Караган, названный в честь одного из первых вождей аэта.