История города Лусена тесно переплетена с колониальным прошлым Филиппин. Изначально эта территория была небольшим баррио (районом) соседнего, более крупного города Тайябас. Первые исследования этих земель были проведены испанским капитаном Хуаном де Сальседо в 1571–1572 годах. Однако фактическое основание поселения приписывается францисканским миссионерам Хуану де Пласенсия и Диего де Оропеса, которые организовали здесь город между 1580 и 1583 годами. Первоначально он получил название Буэнависта, что в переводе с испанского означает «красивый вид».
За свою раннюю историю город сменил несколько имен. После Буэнависты его переименовали в «Орокьета». Позже, из-за частых набегов пиратов, здесь была возведена крепость, известная на местном тагальском языке как «кута». Это привело к тому, что город стали называть Котта. Свое современное имя — Лусена — город получил по королевскому указу в ноябре 1879 года. Ключевым моментом в истории стало получение статуса независимого муниципалитета 1 июня 1882 года, а официальный статус города (chartered city) был присвоен Лусене значительно позже, 17 июня 1961 года.
Развитие Лусены было обусловлено несколькими важными факторами. Стратегическое географическое положение между реками Ийям на западе и Думакаа на востоке, а также выход к заливу Тайябас с портом, сыграли ключевую роль в становлении города как торгового центра. Этому способствовал и полученный 12 марта 1901 года статус столицы провинции Тайябас (ныне провинция Кесон), что ускорило политический и экономический рост. Кроме того, расположение на побережье и плодородные земли вокруг создали благоприятные условия для развития сельского хозяйства и торговли, благодаря чему Лусена стала важным экономическим центром региона.
С самого начала экономика Лусены была тесно связана с сельским хозяйством. Одной из отличительных черт региона стала переработка копры — высушенной мякоти кокосового ореха, из-за чего город получил прозвище «Кокосовая пальмовая столица Юга». В XVII веке для защиты от пиратских набегов была построена крепость, что говорит о важности обеспечения безопасности для стабильного развития торговли и жизни горожан. Со временем Лусена превратилась в высокоурбанизированный город, который, тем не менее, сохранил свою уникальную культурную идентичность и историческое наследие.