Происхождение Канагатана тесно связано с географией острова Лусон и великой рекой Кагаян, самой длинной на Филиппинах. С древнейших времен эти берега были колыбелью цивилизаций: археологические находки в виде гигантских ракушечных куч (Shell Middens) свидетельствуют о том, что люди жили здесь еще в неолите, более 2000 лет назад.
До прихода европейцев регион населяли этнические группы Ибанаг и Илокано, управляемые местными вождями — датумами. Эти общины процветали благодаря рыболовству и плодородным землям речной долины. Само название «Канагатан» этимологически восходит к имени реки, которая всегда была главным торговым и транспортным путем региона.
Официальная летопись города в составе испанских владений началась в 1581 году. Именно тогда конкистадор Хуан Пабло де Каррион прибыл в эти земли, чтобы установить контроль короны над северными территориями Лусона. Вскоре регион стал важным религиозным и административным форпостом, известным как Нуэва-Сеговия, что навсегда изменило вектор его культурного и экономического развития.