История Бандар-Сери-Бегавана неразрывно связана с Кампонг-Айер — знаменитой «деревней на воде», которая считается одним из крупнейших подобных поселений в мире. Первые упоминания о поселении на реке Бруней, сделанные в китайских и арабских источниках, датируются VI-VII веками, что свидетельствует о его древнем происхождении. На протяжении столетий именно Кампонг-Айер был фактическим центром и сердцем султаната, получив название «Венеция Востока». Город на суше, каким мы его знаем сегодня, начал активно развиваться лишь в XX веке. До 5 октября 1970 года город носил название Бруней-Таун (или Бандар-Бруней), после чего был переименован в честь отца правящего султана, который принял титул «Сери Бегаван» после своего отречения от престола.
Развитие города было обусловлено несколькими стратегическими преимуществами. Его географическое положение в устье реки Бруней обеспечивало удобный выход к Южно-Китайскому морю, превратив город в важный морской и торговый узел, а река служила безопасной гаванью и транспортной артерией. На протяжении веков Бандар-Сери-Бегаван был оживленным центром торговли, где местные купцы обменивали камфору, перец и другие товары с торговцами из Китая, Индии и арабских стран. Кроме того, как столица могущественного Брунейского султаната, город являлся центром политической, религиозной и административной жизни региона, где располагалась резиденция султана и главные государственные учреждения.
Ранняя жизнь города была сосредоточена на воде. Культура и экономика формировались вокруг уникального уклада Кампонг-Айер, где дома строились на сваях и соединялись деревянными мостками. Основой экономики служили рыболовство, судостроение и ремесла, такие как изготовление серебряных изделий и ткачество. Культурно город развивался под сильным влиянием малайских традиций и ислама, что нашло отражение в архитектуре, обычаях и центральной роли султана в обществе.