История Жабоатан-дус-Гуарарапис тесно переплетена с ключевыми событиями становления современной Бразилии. Первые поселения на этой территории возникли ещё в XVI веке, а сам муниципалитет был официально образован 4 мая 1593 года. Изначально поселение носило имя Жабоатан, происходящее от слова из языка тупи "Yapoatan", что означает "дерево с твёрдым стволом". Его рост был напрямую связан с экономикой колониального периода, в частности, с работой сахарных заводов, которые были основой процветания региона.
Решающую роль в истории города и всей страны сыграло его географическое положение. Именно здесь, на холмах Гуарарапис, произошли две знаменитые битвы — в 1648 и 1649 годах. Эти сражения между португальско-бразильскими силами и голландскими захватчиками стали поворотным моментом в Пернамбуканском восстании и привели к изгнанию голландцев с северо-востока Бразилии. Это событие считается одним из зародышей бразильской национальной идентичности и армии. В честь этого исторического триумфа город и получил своё полное имя — Жабоатан-дус-Гуарарапис, а на месте сражений сегодня расположен Национальный исторический парк Гуарарапес.
Ранняя экономика города была полностью сосредоточена вокруг сахарного тростника. Многочисленные плантации и сахарные заводы (engenhos) формировали не только экономический, но и социальный уклад жизни. Близость к крупному портовому городу Ресифи способствовала торговле и дальнейшему развитию. Таким образом, Жабоатан-дус-Гуарарапис развивался как важный сельскохозяйственный и исторический центр, навсегда вписав своё имя в историю борьбы за независимость и формирование бразильского государства.