История Жабоатан-дус-Гуарараписа неразрывно связана с ключевыми событиями в становлении Бразилии. Город, чьё название происходит от слова на языке тупи, обозначающего местное дерево, прошёл путь от небольшого колониального поселения до важного экономического и исторического центра штата Пернамбуку.
Официальной датой основания поселения считается 3 марта 1593 года, когда португальский колонист Бенту Луис ди Фигейроа основал здесь одно из первых сахарных производств в регионе. Это положило начало экономическому развитию территории, которая благодаря плодородным землям и близости к побережью стала центром выращивания сахарного тростника — главной сельскохозяйственной культуры колониальной Бразилии. Ранняя экономика полностью зависела от плантаций.
Ключевым моментом в истории города стали две Битвы при Гуарараписах в 1648 и 1649 годах. Эти сражения были частью Пернамбуканского восстания против голландских захватчиков. Португальско-бразильские войска одержали решающие победы над более многочисленной и лучше вооружённой голландской армией, что в итоге привело к их изгнанию из Бразилии. Эти события считаются колыбелью бразильской армии и национального самосознания. В честь этих исторических битв в 1989 году к названию города была добавлена приставка «дус-Гуарарапис».
Географическое положение рядом с крупным портом Ресифи и плодородные земли определили экономический профиль региона на столетия вперёд. Основой экономики долгое время оставалось производство сахара, что сформировало уникальную культуру, сочетающую португальские, африканские и индейские традиции. С упадком сахарной промышленности и развитием страны город постепенно диверсифицировал свою экономику, превратившись в современный муниципалитет с развитой инфраструктурой и богатым историческим наследием.