История города Сеньор-ду-Бонфин берет свое начало в конце XVII века. Изначально эти земли населяли индейские племена паяйя (paiaiás), но европейская колонизация региона изменила уклад жизни, связав его с экспансией животноводства от побережья вглубь континента. Первое постоянное поселение возникло как небольшая стоянка, известная под названием Arraial da Tapera. Оно сформировалось вокруг ранчо, служившего приютом для погонщиков скота и путешественников, осваивавших внутренние территории штата Баия.
Превращение небольшой стоянки в значимый населенный пункт было обусловлено удачным расположением на «Дороге стад» (Estrada das Boiadas) — важнейшем маршруте, по которому перегоняли скот к реке Сан-Франсиску и в горнодобывающие районы. Важнейшим моментом в летописи города стало прибытие в 1750 году образа Сеньор-ду-Бонфин, привезенного португальским капитаном. Строительство часовни для святыни привлекло множество паломников и новых жителей, что дало мощный импульс развитию поселения.
Благодаря быстрому росту, в 1799 году поселение получило статус вилы (малого города) и было переименовано в Вила-Нова-да-Раинья (Vila Nova da Rainha) в честь королевы Португалии Марии I. Экономика того периода базировалась на скотоводстве: город служил коммерческим хабом, где торговцы с побережья обменивали товары на продукты животноводства из внутренних районов. Свое современное название город официально получил в 1885 году, окончательно закрепив историческую связь с почитаемым святым покровителем.