История города Сан-Жозе-ду-Риу-Прету тесно связана с освоением внутренних территорий Бразилии и развитием сельского хозяйства. Официальной датой основания считается 19 марта 1852 года. В этот день Жуан Бернардину де Сейшас Рибейру, выходец из штата Минас-Жерайс, получил в дар землю от местного фермера для создания нового поселения. По традиции, земля была пожертвована в честь святого покровителя, Святого Иосифа (São José), что и дало городу первую часть его имени.
Ключевую роль в становлении города сыграло его стратегическое географическое положение на северо-западе штата Сан-Паулу. Изначально поселение служило местом отдыха для погонщиков скота и путешественников. Экономика раннего периода основывалась на земледелии и животноводстве, заложенных первыми переселенцами. Поворотным моментом в развитии стал приход железной дороги в 1912 году, который превратил город в важный логистический и торговый узел. Это событие способствовало экономическому буму, особенно благодаря выращиванию кофе, ставшего главной культурой региона в начале XX века.
Название города, которое переводится как «Святой Иосиф у Черной реки», отражает его культурные и географические корни — религиозное посвящение и близость к реке Риу-Прету. В 1894 году поселение получило статус независимого муниципалитета, что укрепило его административное значение. Экономический рост и развитие транспортной инфраструктуры привлекали сюда переселенцев, формируя основу для будущего процветания этого важного аграрного и торгового центра.