История Карапикуиба тесно связана с колониальным прошлым Бразилии. Официальной датой основания поселения считается 12 октября 1580 года. Оно возникло как одна из двенадцати деревень (алдей), созданных иезуитскими миссионерами под руководством отца Жозе ди Аншиеты для катехизации и защиты коренного населения от рабства. Примечательно, что из всех этих поселений только Алдея-де-Карапикуиба сохранилась до наших дней, во многом благодаря своей относительной труднодоступности в те времена.
Ключевым фактором становления города стало его географическое положение и плодородные земли. Изначально территория была пожертвована для размещения коренных народов под управлением иезуитов. Первыми жителями были представители народа гуаянаси, которые предоставляли убежище и другим племенам, спасавшимся от набегов бандейрантов. Политически статус Карапикуибы менялся несколько раз: в разное время он был частью Котии и Баруэри, пока в 1965 году не получил статус самостоятельного муниципалитета. Росту города также способствовали волны иммиграции: сначала из Италии и Японии, а после Второй мировой войны — из России, Польши и Украины.
С самого начала экономика региона опиралась на сельское хозяйство. Благоприятный климат и плодородные почвы идеально подходили для выращивания зерновых, овощей и даже европейского каштана. Культурное ядро города — исторический центр Алдея-де-Карапикуиба, который был признан национальным достоянием еще в 1940 году. Здесь сохранились постройки колониальной эпохи, включая церковь, возведенную в 1736 году, и дома, в одном из которых сегодня расположен Дом Культуры с коллекцией индейских артефактов и скульптур.