История Эль-Альто началась не с планового градостроительства, а с практической необходимости развития транспортных путей. В 1903 году на высоком плато над Ла-Пасом стали возникать первые рабочие кварталы, связанные со строительством железной дороги, которая соединила фактическую столицу Боливии с озером Титикака и тихоокеанским побережьем.
Само название города — «El Alto» — переводится с испанского как «Высокий» или «Возвышенный», что прямо указывает на его уникальное расположение. Город раскинулся на суровом плато Альтиплано на высоте около 4000 метров над уровнем моря, буквально нависая над каньоном, в котором спрятан Ла-Пас. Первыми жителями этого холодного и засушливого места были исключительно рабочие железной дороги.
Ключевым фактором становления Эль-Альто стала его роль как главного транспортного хаба. В 1925 году здесь была основана военно-воздушная база, что дало новый импульс развитию инфраструктуры. Со временем поселение переросло рамки простого придатка столицы: экономика, изначально сосредоточенная на обслуживании транспорта, трансформировалась в мощную сеть розничной торговли, определившую лицо города на десятилетия вперед.