История города Богра неразрывно связана с одним из древнейших поселений на территории Бангладеш — древним городом Пундранагар. Руины этой некогда могущественной столицы, известные сегодня как археологический комплекс Махастхангарх, расположены всего в 11 км от современного города. Это место считается колыбелью цивилизации в регионе, заложившей культурную и историческую основу для развития Богры.
Первые упоминания о процветающем Пундранагаре, столице царства Пундравардхана, относятся к IV веку до н.э., ко временам империи Маурьев. Археологические находки подтверждают, что на протяжении многих веков город был крупным и хорошо укреплённым административным центром, сохраняя своё значение и в периоды правления династий Гуптов и Палов. Сам же современный город Богра был официально основан значительно позже, в 1821 году, в период британского правления, унаследовав богатое прошлое своего великого предшественника.
Стремительному развитию и процветанию древнего города способствовало его стратегическое положение. Расположение на берегу реки Каратоя превратило его в важный транспортный и торговый узел, который соединял различные части Бенгалии. Благодаря этому, а также своему статусу столицы и ключевого административного центра, город стал центром оживлённой торговли, что способствовало его экономическому росту и культурному обмену.
Изначально Пундранагар был значимым центром индуизма, а позднее стал одним из оплотов буддизма в регионе, о чём свидетельствуют руины многочисленных храмов и монастырей. Экономика города опиралась на плодородные земли и развитое сельское хозяйство, но также процветали ремёсла. Статус политического и религиозного центра обеспечивал постоянный приток паломников, торговцев и учёных, что делало его одним из самых развитых городов древней Бенгалии.