История Мазари-Шарифа, чьё название в переводе означает «Священная гробница», неразрывно связана с одной из самых почитаемых святынь в Афганистане — Голубой мечетью. Город вырос вокруг места, которое, согласно местным преданиям, является местом захоронения Али ибн Абу Талиба, зятя и двоюродного брата пророка Мухаммеда.
Согласно легенде, место захоронения было утеряно на века, пока в XII веке местному мулле не явился сон с точным указанием на могилу. По приказу сельджукского султана Ахмада Санджара на этом месте в 1136 году была возведена первая усыпальница, вокруг которой постепенно начал формироваться посёлок. Первоначальное сооружение было разрушено во время нашествия Чингисхана, но в XV веке, а точнее в 1481 году, правитель Хорасана Хусейн Байкара построил новый, более величественный комплекс, который и стал ядром будущего города.
Рост и развитие города определялись несколькими ключевыми факторами. Во-первых, его религиозное значение: превращение в крупный центр паломничества способствовало росту населения и развитию инфраструктуры. Во-вторых, выгодное расположение на пересечении древних караванных путей сделало Мазари-Шариф важным торговым центром северного Афганистана, связывающим регионы Хорасана и Мавераннахра. Наконец, в XIX веке, после упадка соседнего древнего города Балх, Мазари-Шариф перенял на себя роль столицы региона, что укрепило его административный и экономический статус.
С самого начала культурная и экономическая жизнь города была сосредоточена вокруг Голубой мечети. Это определило его облик как духовного центра. Экономика была тесно связана с обслуживанием паломников и торговлей: здесь процветали ремёсла, необходимые для поддержания и украшения мечети, а также для нужд многочисленных гостей. Рынки и караван-сараи были неотъемлемой частью городского пейзажа, делая Мазари-Шариф оживлённым и многонациональным центром, где встречались представители разных народов и культур.