Синдзюку тарихы Жапония тарихындағы ең маңызды кезеңдердің бірі — Эдо дәуірінен бастау алады. 1698 жылы Эдо астанасын (қазіргі Токио) батыс провинцияларымен байланыстыратын маңызды Косю Кайдо жолында жаңа пошта станциясы негізделді. Ол «Найто-Синдзюку» деп аталды, бұл сөзбе-сөз аударғанда осы жерлерге иелік еткен феодалдық кланның атымен «Найто [әулетінің] жаңа постоялый ауласы» дегенді білдіреді. Бұл станция саяхатшылар, саудагерлер мен шенеуніктер үшін демалыс орнына айналып, ауданның болашақ гүлденуіне негіз қалады.
Синдзюкуның ірі орталық ретінде қалыптасуына екі оқиға негізгі фактор болды. Біріншісі — 1885 жылы теміржол станциясының ашылуы, ол бірте-бірте қарбалас көлік торабына айналды. Дегенмен, дамуға нағыз серпін 1923 жылғы Ұлы Канто жер сілкінісінен кейін берілді. Геологиялық тұрғыдан тұрақты платода орналасқан Синдзюку ауданы Токионың тарихи орталығына қарағанда айтарлықтай аз зардап шекті. Бұл қираған шығыс аудандардан тұрғындар мен кәсіпорындардың осында жаппай көшіп келуіне әкелді, бұл қарқынды өсу мен урбанизацияны тудырды.
Бастапқыда Синдзюку демалыс пен ойын-сауық үшін жанданған орын ретінде танымал болды, бұл көптеген адамдарды қызықтырды. Оның сауда жолдарының қиылысындағы географиялық орналасуы белсенді коммерциялық ортаның қалыптасуына ықпал етті. 1923 жылғы жер сілкінісінен кейін мұнда алғашқы әмбебап дүкендер, кинотеатрлар мен заманауи ғимараттар пайда бола бастады, бұл бұрынғы пошта станциясын Токионың басты коммерциялық және мәдени орталықтарының біріне айналдырды. Дәл осы тарихи оқиғалар қазіргі Синдзюкуның — зәулім ғимараттардың, іскерлік белсенділіктің және жарқын мәдени өмірдің динамикалық ауданының келбетін қалыптастырды.