Нагоя тарихы ғасырлар қойнауынан бастау алады, бірақ оның ірі қала ретіндегі тағдыры XVII ғасырдың басында шешілді. Бұл аумақта бұрын да елді мекендер болғанымен, дәл сёгун және Жапонияны біріктіруші Токугава Иэясудың көрегендік шешімі қазіргі мегаполистің негізін қалады. 1610 жылы оның бұйрығымен биліктің тірегі және стратегиялық орталыққа айналуы тиіс айбынды Нагоя қамалының құрылысы басталды. Бұл қамал болашақ қаланың жүрегіне айналып, оның айналасында өмір қыза бастады.
Қамалдың салынуы бетбұрысты сәт болды. Жаңа қамал маңындағы қаланы (дзёкамати) қоныстандыру үшін оған дейін Овари провинциясының орталығы болған көршілес Киёсу қалашығының тұрғындарының едәуір бөлігі осында көшірілді. Жаңа цитадель үшін орын таңдау кездейсоқ емес еді: Нагоя құнарлы Ноби жазығында, императорлық астана Киото мен саяси орталық Эдо (қазіргі Токио) арасындағы дәл ортада тиімді орынға ие болды. Мұндай орналасу қаланы елдің басты сауда жолы — Токайдо трактындағы негізгі пунктке айналдырды, бұл оның экономикалық тез өсуіне ықпал етті.
Нагояның саяси мәртебесі де өте жоғары болды. Қамал билеуші Токугава кланының үш негізгі тармағының бірі — Овари тармағының резиденциясына айналды. Бұл қаланың 250 жылдан астам Эдо кезеңі бойы тұрақтылығын, сёгунаттың қамқорлығын және гүлденуін қамтамасыз етті. Осының арқасында Нагоя тек әскери бекініс ретінде ғана емес, сонымен қатар қолөнер мен сауданың жанданған орталығы ретінде дамыды. Қала жоғары сапалы керамика мен фарфор, сондай-ақ тоқыма бұйымдарын шығарумен тез танымал болды. XIX ғасырдың ортасына қарай, өзінің стратегиялық және экономикалық маңыздылығының арқасында, Нагоя Жапонияның төртінші үлкен қаласына айналды.