Мата-Уту тарихы археологтардың мәліметі бойынша біздің заманымыздың 1000-1500 жылдары аралығында полинезиялықтар қоныстанған бүкіл Увеа аралының тарихымен ажырамас байланысты. Шамамен XV ғасырға қарай арал Тонган империясының ықпалында болып, бұл жергілікті Увеа корольдігінің құрылуына әкелді. Дәл осы кезеңде Мата-Уту аралдың басты елді мекені және дәстүрлі билеушілердің резиденциясы орналасқан саяси орталығы ретінде қалыптаса бастады.
Мата-Утудың қазіргі бейнесінің қалыптасуындағы негізгі фактор 1837 жылы француз католиктік миссионерлерінің келуі болды. Олардың қызметі халықтың тез христиандануына және айтарлықтай мәдени өзгеріске әкелді. Қаланың саяси маңызы 1887 жылы Увеа ханшайымы Франциямен протекторат туралы келісімге қол қойғанда нығайып, Мата-Уту жаңа аумақтың әкімшілік орталығына айналды. Қаланың порт және басқару орталығы ретінде дамуы оның Увеа аралының шығыс жағалауындағы қолайлы орналасуына байланысты болды.
Алғашқы жылдардан бастап Мата-Уту мен оған іргелес аумақтардың экономикасы ямс, банан өсіруді қоса алғанда дәстүрлі ауыл шаруашылығына және балық аулауға негізделді. Қаланың мәдени өмірі полинезиялық дәстүрлер мен католицизмнің бірегей синтезін көрсетеді. Бұл бірігу мен қос биліктің — дәстүрлі және діни — нышандары қаланың басты көрікті жерлері болып табылады: Увеа монархының резиденциясы — Король сарайы және оған қарама-арсы орналасқан монументалды Қасиетті Богородицаның көкке көтерілу кафедралық соборы.