Суданның шығысындағы негізгі қалалардың бірі Гедарефтің тарихы оның бірегей географиялық орналасуымен және құнарлы жерлерімен тығыз байланысты. Қала 1820-жылдары мысырлық босқындардың шағын қонысы ретінде негізі қаланған. Уақыт өте келе ол керуендер ағылатын маңызды сауда торабына айналды, ал оның халқы арабтарды, беджаларды және нубиялықтарды қоса алғанда, әртүрлі халықтардың өкілдерімен толықты. Мұндай мәдениеттер тоғысуы Гедарефтің болашақ өсуі мен дамуына негіз болды.
Қаланың атауы, бір нұсқа бойынша, арабтың «Сук Абу Синн» тіркесінен шыққан, бұл «тіс әкесінің базары» дегенді білдіреді, оның ерте кездегі жанданған сауда орталығы ретіндегі рөлін меңзейді. Үстіртте орналасқан және үш жағынан таулармен қоршалған Гедареф айналадағы тайпалар үшін табиғи тартылыс орталығына айналды. Қала тарихындағы маңызды кезең 1898 жылғы Гедареф түбіндегі шайқас болды, ол оның аймақтағы стратегиялық маңызын нығайтты.
Гедарефтің нағыз гүлденуі XX ғасырда басталды, ол ауыл шаруашылығын механикаландырудың арқасында сорго, күнжіт және мақта өндіру орталығына айналды. Бұл оған бейресми, бірақ құрметті «Суданның астық қоймасы» атағын берді. Бүгінде Гедареф — аттас штаттың әкімшілік орталығы ғана емес, сонымен қатар экономикасы әлі күнге дейін айналасындағы жерлердің бай өніміне негізделген, өзінің тарихи беделін растап отырған қарқынды қала.