Эль-Обейд қаласының негізі 1821 жылы Осман Мысыры кезінде қаланды. Хартумнан оңтүстік-батысқа қарай шамамен 370 шақырым жерде орналасқан стратегиялық орнының арқасында ол керуен жолдарының қиылысындағы маңызды сауда торабына тез айналды. Бұл оның қарқынды өсуіне және аймақтың негізгі орталықтарының біріне айналуына ықпал етті.
Эль-Обейдтің маңыздылығы бірнеше негізгі факторлармен айқындалды. Ең алдымен, қала жергілікті акациялардан алынатын құнды шайыр — гуммиарабиктің әлемдегі ең ірі нарығына айналды, бұл аймаққа саудагерлерді тартып, оның экономикалық гүлденуіне септігін тигізді. Көлік қолжетімділігі де маңызды рөл атқарды: Эль-Обейд алдымен керуендер үшін торап болса, кейіннен теміржолдың соңғы станциясы және Суданның әртүрлі бөліктерін байланыстыратын тас жолдардың торабы болды.
Сауда және экономикалық маңызынан бөлек, қала елдің саяси тарихында да елеулі рөл атқарды. 1883 жылғы Махди көтерілісі кезінде Эль-Обейдті ірі шайқастан кейін көтерілісшілер басып алып, ол біраз уақыт бойы олардың штаб-пәтері болды. Бұл оқиға XIX ғасырдағы Судандағы қаланың стратегиялық маңыздылығын көрсетті.
Бастапқыдан-ақ Эль-Обейд тек сауда орталығы ретінде ғана емес, сонымен қатар ірі мал шаруашылығы аймағының жүрегі ретінде де дамыды. Мәдени тұрғыдан ол оның экономикалық мүмкіндіктеріне қызыққан әртүрлі тайпалар мен халықтардың өкілдері кездесетін орта болды. Бұл аймақтың ірі сауда орталықтарына тән бірегей және алуан түрлі атмосфераның қалыптасуына ықпал етті.