Бұрын Бендер-Кассим деген атпен белгілі болған Босасо — тамыры антикалық дәуірге кететін бай әрі көне тарихы бар қала. Оның қалыптасуы Африка мүйізі аймағындағы теңіз қатынасы мен сауда-саттықпен тығыз байланысты. Негізі қаланған нақты күні белгісіз болғанымен, бұл аудандағы қоныстар мыңдаған жылдар бойы өмір сүрген. Тарихшылар бұл аймақты б.з. I ғасырына жататын «Эритрея теңізінің периплы» атты грек навигациялық құжатында маңызды сауда нүктесі ретінде аталған көне Мосилон портымен байланыстырады. Аңыздарға сүйенсек, қазіргі Босасоның орнындағы алғашқы тұрақты қонысты XIV ғасырда Касим есімді саудагер негіздеген, қаланың тарихи атауы Бендер-Кассим («Касим порты») осыдан шыққан.
Қаланың дамуына оның Аден шығанағының оңтүстік жағалауындағы стратегиялық орналасуы ықпал етті, бұл оны Африка, Арабия түбегі және Үндістан арасындағы теңіз саудасының табиғи орталығына айналдырды. Босасо Сомалидің ішкі аудандарынан келетін құнды тауарлар — хош иісті заттар (ладан мен мирра), гуммиарабик және үй малдары үшін маңызды экспорттық пункт болды. Сауда керуендері мен кемелері үшін қосымша тұрақтылық пен қауіпсіздікті XIX ғасырда және XX ғасырдың басында оның Миджиртин сұлтанатының орталықтарының бірі ретіндегі рөлі қамтамасыз етті.
Бастапқыда Босасо экономикасы балық аулауға, інжу-маржан өндіруге және Үнді мұхитын кесіп өтетін сауда кемелеріне қызмет көрсетуге негізделген. Қарбалас портты қала мәртебесінің арқасында Босасо мәдениеті араб және парсы ықпалдарын бойына сіңірді, бұл бүгінгі таңда жергілікті сәулеттен, тілден және дәстүрлерден байқалады. Қала тарихи тұрғыдан әртүрлі халықтар кездесіп, өзара әрекеттесетін, бірегей және сан қырлы ортаны құрайтын «мәдени тоғыс» болды.