«Жәннаттық Байдоа» (Baydhabo Janaay) ретінде де танымал Байдоа қаласының тарихы орта ғасырлардан бастау алатын бай мұраға ие. Оның дамуы Сомалидің құнарлы өзен аралығындағы географиялық орналасуымен және маңызды сауда жолдарын бақылауымен тығыз байланысты.
Қазіргі Байдоа аумағындағы алғашқы қоныстар орта ғасырларда пайда болды. Қаланың негізін құдық қазу шеберлігімен танымал болған Маданле кланы қалаған деп есептеледі. Айналадағы тарихқа дейінгі жартастағы суреттерді қоса алғанда, археологиялық олжалар бұл аймақтың ежелгі тарихынан сыр шертеді. Сол кездің өзінде Байдоа су көздеріне жақын орналасуының арқасында малшылар мен егіншілер үшін маңызды орталыққа айналды.
Қаланың дамуы бірнеше негізгі факторлармен анықталды. Біріншіден, оның агро-жайылымдық аймақтағы тиімді географиялық орны ауыл шаруашылығының, атап айтқанда құмай өсірудің және мал шаруашылығының гүлденуіне ықпал етті. Тұщы су көздерінің болуы оны құрғақ аймақтағы тартылыс орталығына айналдырды. Екіншіден, ерте заманауи кезеңде, әсіресе Геледи сұлтандығының билігі кезінде, Байдоа ішкі аудандарды жағалаумен байланыстыратын керуен саудасының ірі торабына айналды. Сонымен қатар, ғасырлар бойы қала Аджуран сұлтандығы, кейіннен Геледи сұлтандығы сияқты ықпалды мемлекеттік құрылымдардың құрамында болып, бұл оның қауіпсіздігі мен өркендеуін қамтамасыз етті.
Бастапқыда Байдоа қақпалары бар қабырғалармен қоршалған бекіністі қала ретінде белгілі болған, бұл оның байлығы мен қорғаныс қажеттілігін көрсетеді. Бенадир жағалауынан келген саудагерлердің ағыны «Буула Бенадир» деп аталатын жеке кварталдың қалыптасуына әкелді. VII ғасырда аймаққа келген ислам діні қаланың мәдениеті мен бірегейлігіне терең әсер етті. Төрт ғасырдан астам уақыт бойы мұнда суфий әулиесі Обо Эшероу құрметтеледі, оның кесенесі маңызды рухани орталық болып табылады.