Вологда — Орыс Солтүстігіндегі ең көне қалалардың бірі, оның тарихы Ресей мемлекетінің қалыптасуы мен дамуымен тығыз байланысты. Негізі қаланған ресми күн 1147 жыл деп есептеліп, бұл Троица монастырын құрған монах Герасим туралы аңызбен байланыстырылғанымен, көптеген тарихшылар бұл күнге күмәнмен қарайды, өйткені ол кейінгі дереккөздерге негізделген. Вологданың Новгород иелігі ретінде алғашқы бұлтартпас жылнамалық жазбасы 1264 жылға жатады, бұл археологиялық деректермен де расталады.
Вологда өзінің жылдам өсуі мен стратегиялық маңызына бірегей географиялық орналасуының арқасында ие болды. Қала Ресей орталығын Ақ теңізбен, Сібірмен және Батыс Еуропа елдерімен байланыстыратын маңызды су жолдарының қиылысында пайда болды. Бұл оны сауда үшін негізгі транзиттік нүктеге және Новгород, Тверь және Мәскеу арасындағы күрестегі тартыс нысанына айналдырды. Соңында Вологда Мәскеу кінәздігінің солтүстіктегі ең маңызды форпостына айналды.
Қала тарихындағы ерекше бет Иван Грозный патшамен байланысты. XVI ғасырда ол Вологданы өзінің солтүстік резиденциясына айналдырды және кейбір болжамдар бойынша, оны тіпті опричнина жерлерінің ықтимал астанасы ретінде қарастырды. Оның бұйрығымен мұнда жоспары бойынша Мәскеу кремлінен екі есе үлкен болуы тиіс орасан зор тас кремльдің және айбынды София соборының құрылысы басталды. Бұл кезеңде Вологда Ресейдің Англия мен Голландиямен сыртқы саудасының басты орталығына айналып, гүлдену шегіне жетті.
Қала атауының өзі, болжам бойынша, фин-угор тамырына ие және вепс сөзінен шыққан, «ақ» немесе «тұнық су» дегенді білдіреді. Мәдени және рухани даму православиемен тығыз байланысты болды — қала айналасында 1371 жылы негізі қаланған Спасо-Прилуцк сияқты монастырлар өсіп шықты, олар тек рухани ғана емес, сонымен бірге қорғаныс орталықтары ретінде де қызмет етті. Уақыт өте келе Вологда өз шеберлерімен бүкіл әлемге танымал болды, ал әйгілі Вологда кружевосы (өрнекті тоқымасы) мен майы оның бейресми нышандарына айналды.