Қостанай қаласының климаты шұғыл континенттік болып сипатталады, оған айқын көрінетін маусымдар мен айтарлықтай температуралық ауытқулар тән. Елдің солтүстігінде орналасуы қатал қыс пен біршама жылы, шуақты жазды анықтайды.
Жазғы кезең туристер үшін ең қолайлы уақыт болып саналады. Ең ыстық ай — шілде, бұл кезде орташа температура +21°C деңгейінде болады, ал күндізгі максимумдар жиі +26°C-тан асады. Бұл уақытта жауын-шашын сирек жауады, бұл ұзақ серуендер мен экскурсияларды жайлы жоспарлауға мүмкіндік береді.
Қыс мұнда ұзақ әрі аязды. Ең суық ай — қаңтар, орташа температура шамамен -14.5°C, бұл ретте түнде ауа -18°C және одан төмен деңгейге дейін сууы мүмкін. Қар жамылғысы әдетте тұрақты, ал бұлтты күндер саны артады.
Аймаққа келудің ең жақсы уақыты мамырдан қыркүйекке дейінгі кезең болып саналады. Мамыр айының өзінде ауа жайлы +13.6°C-қа дейін жылынады, ал қыркүйек айы қазан айындағы айтарлықтай суыту басталғанға дейін орташа температурасы +12°C болатын жұмсақ күзгі ауа райын сыйлайды.