Чиклайо тарихы Перудің басқа көптеген қалаларынан ерекшеленеді, өйткені оның негізін испандық конкистадорлар қатаң отаршылдық жоспар бойынша қаламаған. Бұл жердегі елді мекен туралы алғашқы деректер XVI ғасырға жатады, ол кезде мұнда Санта-Мария-де-лос-Вальес-де-Чиклайо деп аталатын жергілікті тұрғындардың шағын қауымдастығы болған. Дамудың ерте кезеңінде XVI ғасырдың соңында монастырьдың негізін қалаған францискандық миссионерлер маңызды рөл атқаруды, ол қалыптасып келе жатқан ауылдың орталығына айналды. Соған қарамастан, ғасырлар бойы Чиклайо Санья және Ламбаеке сияқты өңірдегі ірі және ықпалды қалалардың көлеңкесінде қалды.
Қаланың қалыптасуының негізгі факторы оның стратегиялық орналасуы болды. Тынық мұхиты жағалауын, Анд таулы аймақтарын және Амазонка джунглилерін байланыстыратын сауда жолдарының қиылысында орналасқан Чиклайо табиғи түрде маңызды коммерциялық және логистикалық торапқа айналды. XIX ғасырда Ламбаеке алқабында ауыл шаруашылығының қарқынды дамуы, атап айтқанда, қант қамысы мен күріш өсіру қаланы өңірлік сауданың орталығына айналдырып, оның өсуін едәуір жеделдетті. Ресми танылу 1835 жылғы 15 сәуірде келді, сол кезде президент Фелипе Сантьяго Салаверри Чиклайоға қала мәртебесін және тәуелсіздік үшін соғыстағы тұрғындарының ерлігі үшін «Батыр қала» құрметті атағын берді.
Чиклайоның ерте мәдени және экономикалық ерекшеліктері колумбқа дейінгі өркениеттердің бай мұрасымен тығыз байланысты. Бұл өңір инктерге дейін гүлденген ұлы Моче және Сикан (Ламбаеке) мәдениеттерінің бесігі болып табылады. Бұл халықтар өздерінің күрделі ирригациялық жүйелерімен және металлургиядағы жоғары шеберліктерімен танымал болды, бұл осы аумақтың көптеген ғасырлар бойғы шаруашылық дамуының негізін қалады. Әкімшілік немесе діни орталықтар ретінде салынған қалалардан айырмашылығы, Чиклайо экономикасы басынан бастап сауда мен ауыл шаруашылығына бағытталған.