Қарақалпақстан Республикасының астанасы Нүкіс тарихы терең көне заманнан бастау алады, бірақ ол қала мәртебесін ресми түрде тек XX ғасырда алды. Заманауи мегаполис ежелгі қоныстардың орнында бой көтерді, бұл оның тарихын көп қатпарлы және ерекше қызықты етеді.
Археологиялық зерттеулер қазіргі Нүкіс аумағында б.з.б. IV ғасырдан б.з. IV ғасырына дейін Шүрше қалашығы болғанын көрсетеді. Бұл ежелгі Хорезмнің қорғаныс жүйесіне кіретін және Әмудария өзені бойындағы маңызды су жолын бақылап отырған бекіністі қоныс болды. «Нүкіс» атауы қарақалпақ руларының бірімен байланыстырылады; топоним ретінде ол алғаш рет XII ғасырда әскери бекініс контекстінде аталады, оның алғашқы құрылыстары сақталмаған.
Тарихтағы жаңа кезең XIX ғасырда Нүкіс ауылының пайда болуымен басталды. 1874 жылы мұнда ірі әскери бекініс тұрғызылды. Алайда, ең маңызды сәт 1932 жылы қала мәртебесін алу және 1939 жылы Қарақалпақстан астанасын Төрткүл қаласынан осында көшіру болды, бұл дамуға қуатты серпін берді.
Нүкістің өсуі мен дамуы бірнеше негізгі себептерге байланысты болды. Оның Әмударияның оң жағалауындағы, Қызылқұм шөлімен шекарадағы стратегиялық орналасуы тарихи тұрғыдан бұл жерді маңызды қорғаныс және сауда нүктесіне айналдырды. Астананың көшірілуі оның шағын қоныстан республиканың басты әкімшілік, экономикалық және мәдени орталығына айналуының шешуші факторы болды. Бастапқыда халық егіншілікпен және мал шаруашылығымен айналысқан, бірақ астана мәртебесін алғаннан кейін қалада өнеркәсіп, ғылым және білім дами бастады, бұл мұнда бүкіл аймақтан тұрғындарды тартып, оның заманауи келбетін қалыптастырды.